La fondazione della Regia Scuola è fortemente sostenuta dal chiavarese Stefano Castagnola, Ministro di Agricoltura, Industria e Commercio nel governo Lanza-Sella; in origine pertanto viene subordinata al suo dicastero. Tuttavia il Ministero riveste un ruolo prettamente politico, mentre il finanziamento è coperto per oltre due terzi dagli enti locali (Comune, Provincia, Camera di Commercio di Genova).
La Scuola si configura come entità autonoma rispetto alla Regia Marina e intende formare ingegneri sia civili sia militari. Dal 1874 il Ministero della Marina richiede che gli ufficiali del Genio Navale di nuova nomina seguano gli studi di ingegneria navale e meccanica presso la Scuola di Genova. Gli studenti pagano una rata annuale di iscrizione di 50 lire, dalla quale i più meritevoli sono esonerati.

Gli organi di governo
Ai vertici della Scuola ci sono il Presidente e il Direttore. L’organo di governo è il Consiglio direttivo, dura in carica tre anni ed è formato da sette membri che rappresentano gli enti finanziatori. Esso ha il compito di redigere il Regolamento interno, proporre la pianta organica del personale e le norme per l’amministrazione della Scuola.
Il primo Consiglio direttivo è così composto:

Comune di Genova: Andrea Podestà,
sindaco di Genova
Cesare Cabella, presidente,
magnifico rettore dell’Università
Provincia di Genova: Andrea Bozzo
Giovanni Maurizio
Camera di Commercio: Giacomo Millo,
presidente della Camera di Commercio
Ministero di Agricoltura,
Industria e Commercio:
Edoardo D’Amico
Ministero della Marina: Benedetto Brin

Il Presidente è eletto al suo interno e, operando in stretto rapporto con il Direttore, provvede alla redazione del bilancio e coordina le attività didattiche e i rapporti con il personale.
Il Direttore, capo del corpo docente, è subordinato al Presidente e riveste un ruolo operativo: è responsabile della biblioteca e dei laboratori e presiede le commissioni di esame e di laurea. Il ruolo è rivestito da alcune importanti figure quali l’ispettore del Genio Navale Felice Mattei, l’ammiraglio Carlo De Amezaga, Angelo Scribanti, Eugenio De Vito.