La collezione degli strumenti di misura, di calcolo e di disegno, utilizzati nella pratica quotidiana della Regia Scuola, è stata riorganizzata a fini conservativi. In molti casi sono pervenute assieme agli strumenti anche le istruzioni relative.

Dalle relazioni annuali della Regia Scuola sappiamo che particolare attenzione viene data all’acquisto di strumentazioni sempre più aggiornate e precise che vanno ad accrescere di anno in anno la collezione con pezzi acquistati presso le più prestigiose ditte italiane ed estere.

Tra quelli costruiti in Italia si segnalano: il navipendolo dell’ing. Gioacchino Russo (laureato presso la Regia Scuola nel 1889), strumento utilizzato per studiare il rollìo delle navi in moto ondoso, costruito nel 1904 dalle Officine Galileo di Firenze su commissione della Scuola (uno analogo è conservato all’Arsenale Militare della Spezia); dalle stesse officine proviene anche il compasso traccia-spirali del 1917, costruito su brevetto di Roberto Kohlschitter, capo tecnico dell’Istituto Idrografico della Regia Marina di Genova; strumenti della Filotecnica Salmoiraghi di Milano tra i quali un pantografo, un compasso a verga e un regolo circolare.

Nel 1906 la Regia Scuola commissionò un pallografo e inviò il professor Panetti, docente di meccanica razionale, presso la ditta Maihak di Amburgo per collaudarlo. Questo strumento, brevettato dall'ingegnere tedesco Otto Schlick (1840-1913), funzionava come un sismografo per registrare le vibrazioni della nave. Nel 1907 venne acquistato l’arithmomètre della ditta francese Payen, brevettato da Thomas de Colmar nel 1820. Del patrimonio della Regia Scuola facevano parte due modelli di calcolatrici Brunsviga, uno del 1893, in grado di eseguire le quattro operazioni e uno del 1910 , più sofisticato e in grado di eseguire estrazioni di radice. Le Brunsviga devono il loro nome dall’italianizzazione di Brunswick, luogo in cui aveva sede la ditta Grimme Natalis & C. che le costruiva.