Dal 1871 al 1874 la Scuola viene ospitata nel palazzo dell’Università di Via Balbi, sede messa a disposizione dal Comune di Genova, che fornisce anche le suppellettili non scientifiche.
Il 18 luglio 1873 il Consiglio comunale delibera di assegnare alla Scuola il palazzo già sede dell’Ammiragliato del Regno di Sardegna; durante la seduta Cesare Cabella, Presidente del Consiglio direttivo della Scuola e rettore dell’Ateneo, denuncia l’impossibilità di impartire insegnamenti pratici nella sede provvisoria di via Balbi.
Nel 1874 inizia il trasferimento della Scuola nel palazzo dell’Ammiragliato, vengono eseguiti lavori di ripristino e adattamento della costruzione che risulta in cattivo stato di conservazione. L’edificio così riattato consta di un piano terreno più tre piani sopraelevati, cui si aggiungono alcuni locali posti nell’adiacente padiglione di San Tommaso ove vengono collocate le officine.
La struttura scolastica presenta la seguente articolazione funzionale: al piano terreno trovano posto la biblioteca e le officine per le esercitazioni, dotate di tavoli da lavoro e della strumentazione necessaria; nei piani superiori sono sistemati gli studi dei professori e degli assistenti, l’alloggio del Direttore, le aule per la didattica e le collezioni di modelli navali.
Negli anni ’20 del Novecento il palazzo dell’Ammiragliato diverrà sede di un istituto tecnico, e sarà poi venduto al Demanio che lo demolirà per far spazio alla nuova viabilità di accesso alla stazione marittima di Ponte dei Mille.
Il professor Scribanti, direttore della Scuola, ritenendo insufficienti gli spazi a disposizione, negli anni 1912-13 presenta al Comune di Genova un ambizioso progetto per una nuova sede della Scuola sulle alture dello Zerbino, retrostanti piazza Manin; l’edificio, che non verrà mai costruito, si sarebbe dovuto sviluppare su 4.200 mq. Il progetto prevedeva una vasca Froude lunga 150 metri e larga 5, officine, aule per le lezioni e per il disegno, laboratori, biblioteca e un museo navale. In seguito all’acquisto, da parte del Comune, dai marchesi Cambiaso dell’omonima villa di Albaro, del terreno circostante e dei conseguenti lavori di restauro e adattamento dell’edificio, a partire dagli anni 1921-22 inizia il trasferimento delle attività didattiche dall’Ammiragliato alla villa.
Nel 1923 il consiglio comunale delibera di accettare che i signori Venceslao Carrera e Marco Passalacqua provvedano a loro spese alla realizzazione di un grande affresco sulla volta e sulle pareti del salone della villa: raffigurerà una grande allegoria dell’arte navale e verrà affidato a Antonio Orazio Quinzio (1856-1928), ma nel 1944, in seguito ad un bombardamento aereo, il tetto e la volta del salone verranno distrutti.